ในความผิด ๓ อย่างของท่านโพธิรักษ์นั้น การทำความผิด ๒ อย่างแรก มีเจ้าหน้าที่รับผิดชอบโดยตรงอยู่แล้ว คือ
๑. การทำผิดกฎหมายบ้านเมือง คือการละเมิดกฎหมายของรัฐ เช่น การตั้งตัวเป็นพระอุปัชฌาย์บวชพระเอาเอง โดยไม่ได้รับการแต่งตั้ง การอยู่เป็นพระภิกษุโดยไม่สังกัดวัดใดวัดหนึ่ง การตั้งสำนักสงฆ์ขึ้นมาเองโดยไม่ดำเนินการให้ถูกต้องตามกฎหมาย การตั้งตัวเป็นเจ้าสำนักเองโดยไม่ได้รับการแต่งตั้งตามระเบียบ ตลอดจนประกาศไม่ยอมขึ้นต่อกฎหมายบ้านเมือง ที่รัฐตราขึ้นสำหรับปกครองพระสงฆ์ไทยทั่วประเทศ การทำความผิดสถานนี้เป็นเรื่องของเจ้าพนักงานตามกฎหมายจะดำเนินการตามอำนาจหน้าที่ ที่กฎหมายนั้นได้กำหนดไว้
๒. การประพฤติผิดวินัยของสงฆ์ คือการละเมิดพระวินัยบัญญัติ หรือละเมิดพุทธบัญญัติในพระวินัย สำหรับการทำความผิดในข้อนี้ ขั้นแรกเป็นเรื่องของพระภิกษุผู้กระทำผิดเองที่จะแสดงความผิดของตน และรับการลงโทษตามที่กำหนดไว้ในพระวินัย แต่ถ้าภิกษุผู้กระทำผิดนั้นปกปิดหรือไม่ยอมรับผิด พระภิกษุรูปอื่นตลอดขึ้นไปถึงสงฆ์ส่วนรวมจะหยิบยกเรื่องขึ้นพิจารณาดำเนินการให้มีการลงโทษ หรือปฏิบัติการอย่างใดอย่างหนึ่ง ตามวิธีการของพระวินัย นอกจากนี้ ในหลายกรณี กฎหมายบ้านเมืองที่ได้ตราขึ้นไว้เพื่อคุ้มครองพระพุทธศาสนา และรักษาสันติสุขของสังคม ได้กำหนดอำนาจหน้าที่ไว้ ให้เจ้าหน้าที่ปกครองสงฆ์และเจ้าหน้าที่บ้านเมืองสามารถดำเนินการลงโทษภิกษุ ที่กระทำความผิดหรือประพฤติเสื่อมเสีย เพื่อช่วยให้การรักษาพระวินัยและความสงบเรียบร้อยของสังคมได้ผลรัดกุมยิ่งขึ้น เช่น ภิกษุดื่มสุราเป็นอาจิณ ภิกษุที่เที่ยวออกเรี่ยไร และภิกษุที่มีพฤติกรรมในทางหลอกลวงประชาชน แม้จะเอาผิดทางพระวินัยได้ไม่มาก ก็อาจถูกจับสึกเสียได้ ดังจะเห็นว่า ในสมัยใดเจ้าหน้าที่ทั้งฝ่ายสงฆ์และฝ่ายบ้านเมืองเข้มแข็ง เอาใจใส่ต่อหน้าที่ พระภิกษุที่ประพฤติเช่นนี้จะเบาบางหรือเงียบหายไป
การดำเนินคดีกับโพธิรักษ์ ตลอดจนให้สึกและจับกุม เป็นการปฏิบัติต่อการกระทำผิด ๒ ข้อแรกนี้ โดยเฉพาะข้อ ๒) องค์กรที่ปกครองสงฆ์คือมหาเถรสมาคม อ้างการทำความผิดในข้ออวดอุตริมนุสธรรมเป็นอาจิณ ซึ่งการที่ได้กระทำอาจเป็นความผิดถึงขั้นปาราชิกแล้ว หรือไม่ก็เป็นการหมิ่นเหม่ต่ออาบัติปาราชิก จึงวินิจฉัยให้สึก โดยพิจารณาประกอบกับพฤติกรรมอื่นๆ เช่น การละเมิดกฎหมายบ้านเมือง และการปฏิบัติคลาดเคลื่อนทางพระธรรมวินัยอื่นๆ ซึ่งมิใช่วิสัยของผู้ที่เป็นอริยะหรือบรรลุอุตริมนุสธรรมจริง
การดำเนินการกับโพธิรักษ์ใน ๒ ข้อนี้เป็นเรื่องของผู้ปกครองทั้งฝ่ายสงฆ์และบ้านเมือง ตั้งแต่มหาเถรสมาคมจนถึงเจ้าหน้าที่ตำรวจ ใครจะสนใจเกี่ยวข้องก็มีสิทธิตามขอบเขตของกฎหมายและความพอใจของตน พร้อมทั้งความรู้สึกรับผิดชอบต่อส่วนรวม ซึ่งในฐานะชาวพุทธ ควรสนใจตามควร ต่อเรื่องใดก็ตามที่กระทบต่อพระพุทธศาสนา เพียงแต่อาจไม่แสดงออก เพราะมีผู้รับผิดชอบอยู่แล้ว
การดำเนินการกับโพธิรักษ์ และเรื่องราวต่างๆ ที่เป็นไปในขอบเขตของความผิด ๒ ข้อนี้ เรียกได้ว่าเป็นกรณีระหว่างโพธิรักษ์ กับมหาเถรสมาคมและเจ้าหน้าที่บ้านเมือง แต่ถ้าจะให้ถูกต้องแท้ๆ ต้องเรียกว่า ปัญหาโพธิรักษ์ที่เป็นกรณีสำหรับมหาเถรสมาคมและเจ้าหน้าที่บ้านเมือง